刚果红为酸碱指示剂，变色范围为3.5到5.2，碱态为红色，酸态为蓝紫色；检测胃液中的盐酸和纸张酸度；鉴定硼酸、氰化物；生物培养基的添加剂；生物染色，如胚胎切片、植物粘蛋白、纤维素、弹性组织等染色

主要用于棉、麻、丝等纺织和纸制品的染色，也可用作指示剂。

曾广泛用于棉、粘胶的染色，因其遇酸极易转变为蓝色，以及无适当处理方法使之提高其湿处理牢度，故自不溶性偶氮染料和直接耐酸大红4BS问世以来，该品在染色中的使用量逐减减少，但在造纸工业中用量颇大。还可作为酸碱指标剂，即刚果红试纸，pH3.0（蓝紫）-5.0（红）。另外还用于生物染色，分析试剂。